CAPHRI- School for Public Health and Primary care
Binnen het instituut worden vele wetenschappelijke onderzoeken uitgevoerd op het gebied van prevention, public health and primary care.

Carim- School for Cardiovascular Diseases
Het onderzoekszwaartepunt Hart- en Vaatziekten sluit nauw aan bij het klinisch onderzoek binnen het azM en het fundamenteel onderzoek van het onderzoeksinstituut CARIM, het Cardiovasculair Research Institute Maastricht. De micro- en macrocirculatie vormen belangrijke onderzoekslijnen. Ook de expertise op het gebied van hartritmestoornissen geniet internationale bekendheid.

Grow- School for Oncology & Developmental Biology
In het zwaartepunt Groei en Ontwikkeling zijn alle onderzoeksactiviteiten gebundeld op het gebied van de klinische oncologie, de ontwikkelingsbiologie en de perinatale geneeskunde. Deze bundeling maakt een uitwisseling mogelijk van kennis over processen van celgroei en celsplitsing. Deze processen zijn de kenmerken van normale (embryologische) ontwikkelingen als ook van abnormale (oncologische) groei. Het onderzoek wordt aangestuurd vanuit het onderzoeksinstituut GROW, Research Institute Growth & Development.

MHeNS- School for Mental Health and Neuroscience
De nadruk van het onderzoek ligt op een aantal veel voorkomende neurologische en psychiatrische ziektebeelden en op afwijkingen die het zenuwsysteem beïnvloeden.

NUTRIM- School for Nutrition, Toxicology & Metabolism
NUTRIM verricht fundamenteel en toegepast onderzoek naar de rol van voeding in het ontstaan, de behandeling en preventie van metabole ontregelingen bij kanker en chronische aandoeningen zoals obesitas, diabetes, chronische longziekten en chronische  darmaandoeningen.